El Instituto Nacional Electoral (INE) ha establecido que el conteo de votos se realizará en los 300 consejos distritales, y no en las casillas como es habitual. Este proceso se llevará a cabo del 1 al 10 de junio, siguiendo un calendario específico para cada cargo:
• 1 al 3 de junio: Conteo de votos para ministros y ministras de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN).
• 3 al 6 de junio: Resultados de magistrados del Tribunal de Disciplina Judicial (TDJ), de la Sala Superior y de las Salas Regionales del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF).
• 6 al 8 de junio: Conteo para magistraturas de circuito.
• 7 al 10 de junio: Cómputo de votos para jueces y juezas de distrito.
Durante la jornada electoral, las casillas cerrarán a las 18:00 horas, salvo que haya ciudadanos en fila esperando votar. Posteriormente, las boletas se trasladarán a los consejos distritales para su conteo. Cada boleta está diferenciada por colores según el cargo: morado para ministros de la SCJN, verde menta para magistrados del TDJ, azul para magistrados de la Sala Superior del TEPJF, salmón para magistrados de las Salas Regionales, amarillo para jueces y rosa magenta para magistrados de circuito. Este nuevo formato electoral ha generado incertidumbre entre la población, ya que la ausencia de resultados preliminares podría prolongar la espera y aumentar la tensión política. Además, la complejidad del proceso y la falta de información sobre los candidatos han sido objeto de críticas por parte de diversos sectores.
